A microbiologia é um ramo da medicina que se preocupa com a aversão, diagnóstico e tratamento de doenças infecciosas. Em integração, este campo da ciência estuda diversas aplicações clínicas de micróbios para a melhoria da saúde. Existem quatro tipos de microrganismos que causam doenças infecciosas: bactérias, fungos, parasitas e vírus e um tipo de proteína infecciosa chamada príon. Os microbiologistas médicos costumam fazer recomendações de tratamento aos pacientes com base na cepa do micróbio e em suas resistências aos antibióticos, no local da infecção, na toxicidade potencial dos medicamentos antimicrobianos e em quaisquer alergias a medicamentos que o paciente tenha.