A Modelagem Molecular permite que os cientistas usem computadores para visualizar moléculas, significando representar numericamente estruturas moleculares e simular seu comportamento com as equações da física quântica e clássica.
O objetivo da modelagem molecular é desenvolver um modelo suficientemente preciso do sistema para que o experimento físico não seja necessário.
A modelagem molecular se expandiu nas últimas décadas a partir de uma ferramenta para visualização de banco de dados tridimensional .