Journal of Applied Bioinformatics & Computational Biology segue um sistema de revisão por pares cego único que inclui os revisores que estão cientes da identidade dos autores, mas os autores não têm conhecimento da identidade dos revisores. Há no mínimo quatro revisores para cada artigo em cada edição.
Cada manuscrito submetido é processado para verificação preliminar de controle de qualidade pela redação, seguida por processo de revisão externa por pares. Normalmente, o controle de qualidade preliminar é concluído em 7 dias e se baseia principalmente na formatação do periódico, nos padrões ingleses e no escopo do periódico.