Jornal de Bioinformática Aplicada e Biologia Computacional

Modelagem de Homologia

A modelagem de homologia, também chamada de modelagem comparativa de proteínas, alude ao desenvolvimento de um modelo de determinação nuclear da proteína "objetiva" a partir de sua sucessão amino-corrosiva. Na Modelagem de Homologia testamos a estrutura tridimensional de uma proteína homóloga relacionada (o "layout"). A expressão "demonstração de homologia", também chamada de exibição semelhante ou exibição baseada em formato (TBM), refere-se à demonstração de uma estrutura 3D de proteína utilizando uma estrutura conhecida provisoriamente decidida de uma proteína homóloga como um layout

Uma estrutura de proteína é de grande ajuda na investigação da capacidade proteica, progresso, colaborações com ligantes e diferentes proteínas, e até mesmo dentro da indústria farmacêutica na divulgação de medicamentos com base na estrutura e no esboço de medicamentos. A exibição de homologia pode fornecer ao pesquisador atômico e aos químicos orgânicos estruturas de "baixa determinação", que conterão dados adequados sobre o curso de ação espacial de depósitos essenciais na proteína e que poderão direcionar o esboço de novas investigações.

Por exemplo, o esboço das análises de mutagénese coordenada no local poderia ser significativamente melhorado se tais estruturas modelo de "baixa determinação" pudessem ser utilizadas. A ilustração experimental de uma estrutura proteica pode frequentemente ser adiada por problemas na aquisição de uma medida adequada de proteína (clonagem, expressão e descontaminação de quantidades em miligramas), por desafios relacionados com a cristalização, e até mesmo a parte cristalográfica da proteína pode se tornar uma fonte de problemas. Neste cenário, não é surpreendente que os sistemas que gerenciam a previsão da estrutura das proteínas tenham aumentado muito. Entre essas técnicas, a estratégia de exibição de homologia com mais frequência fornece o resultado mais confiável. A utilização desta técnica tem em vista a percepção de que duas proteínas tendo um lugar na mesma família e possuindo sucessões amino-corrosivas comparativas, terão estruturas tridimensionais comparativas.