Jornal de Bioinformática Aplicada e Biologia Computacional

Análise de Sequência

A análise de sequências é um campo de pesquisa biológica em que são examinados os elementos genômicos de formas de vida distintas. A análise de sequência pode incorporar o alinhamento de sequência, agrupamento de DNA e outros marcos estruturais genômicos. No sequenciamento manual, a resposta ocorre em quatro tubos exclusivos, cada um contendo um ddNTP alternativo. Conseqüentemente, o tubo que contém ddATP terá seções que terminam todas em adenosina (A), o tubo com ddGTP terá pedaços que terminam em guanina (G) etc.

Os itens dos quatro tubos continuam correndo em caminhos paralelos de um gel. A figura à direita demonstra as consequências do sequenciamento manual. Os resultados do sequenciamento de DNA podem ser imaginados à luz do fato de que o preliminar é rotulado com uma marca radioativa. No momento em que foi apresentado a um pedaço de filme de feixe X, a radioatividade revelou o filme aparecendo como uma faixa opaca. A sucessão é então examinada no filme pelo cientista ou especialista. Os resultados da sucessão são empilhados em quatro caminhos paralelos num gel. Nesta ilustração, o primeiro caminho contém os itens da resposta que contém ddCTP.

Dessa forma, cada banda que aparece nesse caminho se comunica com um item de sequenciamento que termina em C. O gel isola os itens de sequenciamento levando em consideração o tamanho; seções menores passam pelo gel mais rápido do que mais pedaços. Os quatro caminhos são examinados juntos em uma hierarquia de níveis, da base (menor) à batida (maior). A linha azul segue a solicitação para que os grupos sejam examinados e a sucessão da seção seja demonstrada ao lado. A resposta no sequenciamento mecanizado é basicamente a mesma do sequenciamento manual.

Existem dois contrastes principais: a marcação e a leitura. No sequenciamento computadorizado, os itens são marcados com uma cor fluorescente em vez de um nome radioativo. Existem quatro cores fluorescentes, cada uma comparada a um ddNTP alternativo; ddATP é verde, ddTTP é vermelho, ddCTP é azul e ddGTP é amarelo. Desta forma, cada seção tem um sombreamento alternativo em sua extremidade, dependendo de qual é o nucleotídeo final (ddNTP). Isso permite que os resultados do sequenciamento continuem sendo executados em um caminho solitário de um gel, em vez de em quatro caminhos paralelos.