A biorremediação é uma técnica de gerenciamento de resíduos que envolve o uso de microrganismos para remover poluentes neutros de um local contaminado. A biorremediação é um “tratamento que utiliza organismos naturais para decompor substâncias perigosas em substâncias menos tóxicas ou não tóxicas”. A biodegradação é a dissolução química de materiais por bactérias, fungos ou meios biológicos. Enquanto biodegradável significa simplesmente ser consumido por microrganismos, "compostável" exige especificamente que o objeto se decomponha em condições de compostagem. Diversos grupos de microrganismos estão envolvidos na biodegradação de contaminantes orgânicos, e esses organismos variam amplamente nas adaptações e respostas às condições in situ, o que pode complicar o gerenciamento de projetos de biorremediação envolvendo organismos indígenas. Contudo, será que a biorremediação procederia de forma diferente com o conhecimento da identidade dos degradadores activos num determinado local? Até recentemente, esta não era uma questão digna de discussão, dada a dificuldade de estabelecer tal informação, mas isso está a mudar com o advento de ferramentas concebidas para esse fim. Dentre os avanços recentes em métodos ecológicos, as aplicações de sondagem com isótopos estáveis destacam-se por fornecerem o potencial para estabelecer a identidade de microrganismos envolvidos na biodegradação in situ.