O Jornal de Biologia Molecular e Métodos segue um sistema de revisão por pares cego único que inclui os revisores que estão cientes da identidade dos autores, mas os autores desconhecem a identidade dos revisores. Há no mínimo quatro revisores para cada artigo em cada edição.
Cada manuscrito submetido é processado para verificação preliminar de controle de qualidade pela redação, seguida por processo de revisão externa por pares. Normalmente, o controle de qualidade preliminar é concluído em 7 dias e se baseia principalmente na formatação do periódico, nos padrões ingleses e no escopo do periódico.