É o estudo da predicação de estrutura para estrutura para função da proteína. Neste estudo com foco no estudo da caracterização de mudanças na confirmação de proteínas e durante a interação proteína-proteína A proteômica estrutural é um processo tradicionalmente trabalhoso de biologia estrutural bem conhecido, usando cristalografia de raios X ou ressonância magnética nuclear (RMN) ou gel 2D eletroforese