Jornal de Ciência Veterinária e Diagnóstico Médico

Análise de cluster de tendência baseada na base de dados de sequenciação profunda para explorar o mecanismo de resposta das células endoteliais da veia umbilical suína à infeção pelo vírus da peste suína clássica

Xiaocheng Gong, Xin You, Xuepeng Li, Aoxue Hu, Zhongxing Wu, Jun He e Pengbo Ning

A célula endotelial é um dos principais alvos da infeção pelo vírus da peste suína clássica (VPSC), que causa a peste suína clássica (PSC). Embora a patogénese do LCR tenha sido estudada há muito tempo, o novo método ainda é necessário para elucidar o mecanismo subjacente. A análise genómica baseada na sequenciação profunda oferece uma possibilidade para estudos adicionais do mecanismo de infeção pelo CSFV. A análise de cluster de tendência e a análise bioinformática foram desenvolvidas para interpretar as respostas genéticas significativas das células endoteliais ao CSFV neste trabalho. Foram identificados os principais genes que contribuíram para o CSFV Shimen, diferindo da infeção pelo CSFV C e do controlo. A análise GO (ontologia genética) e KEGG sugeriu que a infeção por CSFV Shimen causou alterações em processos biológicos, como o sequestro citoplasmático de NF-kappaB, a regulação do processo apoptótico e a via de sinalização do recetor 4 toll-like. E houve uma resposta significativa da via de sinalização PI3K-Akt, miocardite viral, via de sinalização da prolactina e assim por diante durante a infestação por Shimen. A análise de tendências baseada no agrupamento de séries para base de dados de sequenciação profunda obteve uma melhor interpretação do CSFV Shimen, o que forneceu informações mais valiosas para compreender o desenvolvimento do LCR.