Uma rede metabólica de reações químicas em escala genômica que ocorre dentro de um organismo vivo é reconstruída principalmente a partir da informação presente em seu genoma e envolve etapas como anotação funcional do genoma, identificação das reações associadas e determinação de sua estequiometria, atribuição de localização, determinação da composição da biomassa, estimativa de necessidades energéticas e definição de restrições do modelo. Esta informação pode ser integrada num modelo estequiométrico de metabolismo que pode ser utilizado para uma análise detalhada do potencial metabólico do organismo utilizando abordagens de modelação baseadas em restrições e, portanto, é valiosa para a compreensão das suas capacidades metabólicas.