Kolonizacja i połączenie pożytecznych bakterii z systemem roślinnym zapewnia roślinie zdrowy wzrost. Te flory bakteryjne nadają indukowaną odporność, poprawiają wiązanie azotu, wzrost roślin (fitohormony) i ułatwiają syntezę metabolitów antagonistycznych wobec szkodliwych patogenów i pasożytów roślin. Interakcje roślinnych bakterii i grzybów wnoszą wyjątkowy wkład w procesy biotechnologiczne i cykle biogeochemiczne.