Drobnoustroje glebowe wywołujące choroby roślin, ludzi i zwierząt nazywane są patogenami glebowymi. Inwazyjne patogeny glebowe wpływają na pożyteczne zbiorowiska drobnoustrojów glebowych i ograniczają wzrost i wydajność roślin. Trzy ważne grupy drobnoustrojów, które mają największy wpływ na skład i funkcjonowanie ekosystemu, to patogeny glebowe (grzyby, bakterie i wirusy), pasożyty chorobotwórcze gleby (nicienie), symbionty mutualistyczne i substancje rozkładające.