Interakcje pomiędzy żywicielem roślinnym a jego patogenami (bakteriami, grzybami, wirusami, lęgniowcami i nicieniami) opisuje się jako interakcje roślina-patogen. W celu uzyskania roślin odpornych na choroby stosuje się zaawansowane metody genetyczne i statystyczne. Najczęściej badane patogeny roślinne: bakterie ( Pseudomonas syringae , Xanthomonas campestris ), grzyby ( Colletotrichum destructivum , Botrytis cinerea , Golovinomyces orontii ), oomycete ( Hyaloperonospora spp. ), wirusy (wirus mozaiki kalafiora (CaMV), wirus mozaiki pomidora (TMV)) i nicienie ( Meloidogyne incognita , Heterodera schachtii ).