Zanieczyszczenie gleby stanowi główne zagrożenie dla gleby ze względu na ksenobiotyczne (wytworzone przez człowieka) chemikalia przemysłowe, rolnicze i inne niewłaściwe usuwanie odpadów, powodujące zmiany w naturalnym mechanizmie gleby i środowisku gleby. Zanieczyszczenia te mają dłuższe okresy półtrwania, co zazwyczaj zmienia mikroflorę glebową biorącą udział w czynnościach metabolicznych roślin.