Mikroorganizmy roślinne mogą być pożyteczne lub szkodliwe. Wzrost i przetrwanie zależy od roślin. W roślinach występują interakcje patogenne, symbiotyczne i asocjacyjne. Aby zapewnić tolerancję na stres, odporność na choroby i produktywność roślin, wymagane są wydajne i korzystne interakcje roślina-mikrob. Izolacyjna charakterystyka potencjalnych drobnoustrojów roślinnych jest konieczna do biologicznego zwalczania różnych chorób roślin.