Pozytywne wzajemne powiązanie między zbiorowiskami roślin i grzybów jest niezbędne dla wzrostu i zwiększania odporności roślin żywicielskich na patogeny. Główne potencjalne powiązania mikoryzowe zgłaszane u różnych typów grzybów mikoryzowych to mikoryza arbuskularna, ektomikoryza, mikoryza wrzosowata i mikoryza storczyków odgrywa kluczową rolę w dynamice ekosystemu roślinnego i glebowego. Analiza korzeni metodą pirosekwencjonowania jest jedną z zaawansowanych technik stosowanych do badania zbiorowisk grzybów związanych z korzeniami.